肚脐下三寸疼可能是患有消化系统、泌尿系统以及生殖系统等疾病，如肠痉挛、膀胱炎以及盆腔炎等。
1.消化系统：若患者暴饮暴食或食用了不易消化的食物，便会消化不良，引起肠痉挛，故而感到疼痛。
2.泌尿系统：泌尿系统疾病如急性膀胱炎、泌尿系感染等，就会出现肚脐下三寸疼痛，症状为持续性隐痛，伴有尿频、尿急，严重的还会发烧。
3.生殖系统：
（1）女性出现疼痛，可能是正常生理痛，也有可能是有一些妇科疾病，如子宫内膜炎、宫颈囊肿、宫颈炎、宫颈糜烂导致的。
（2）男性肚脐下疼，如果有尿频、尿急、尿等待、尿血等情况，可能是前列腺增生、前列腺炎等疾病。
肚脐下三寸疼也可能是其他原因导致的，若出现疼痛症状，建议立即前往专业医院，在医生的指导下检查治疗。